AmpliSeq for Illumina Focus Panel

用于研究52个与实体瘤相关的基因的靶向DNA和RNA研究panel。

5-6小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间)

分析时间

< 1.5小时

手动操作时间

1–100 ng(建议每个混池10 ng)

起始量

详情请参见规格表

推荐使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel作为TruSight Tumor 26(已停产)的替代产品。

概览

AmpliSeq for Illumina Focus Panel是一种靶向重测序分析套装,用于对52种与实体瘤具有已知关联的基因的生物标记物进行分析。利用这种Focus Panel,研究人员能够同时分析DNA和RNA。

主要特点

  • 相关基因内容——52个与实体瘤相关基因的靶向生物标记

  • 快速的一体化工作流程——可在一天内使用起始量低至1 ng的高质量样本或10 ng福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的样本制备直接测序的文库

  • 准确的数据——使用本地或云端分析方法检测频率低至5%的体细胞突变

Focus Panel是集成工作流程的一部分,该工作流程包括基于AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应(PCR)的文库制备、采用Illumina边合成边测序(SBS)的新一代测序(NGS)技术以及自动化分析过程。

即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。


规格


需要的产品

AmpliSeq for Illumina Focus Panel包含DNA和RNA工作流程。 每个工作流程都需要自己的Library PLUS反应和标签接头。RNA工作流程还需要cDNA合成。

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应用

工作流程示例


项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
iSeq 100 System

8 samples per run (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiniSeq System

Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

MiSeq System

Samples per run (by reagent kit version): v2 micro: 8, v2: 30, v3: 48 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp


相关应用和方法

比较

AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 TruSight Tumor 15
Cancer type Solid Tumor Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue
Variant class Gene fusions, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Gene fusions, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Insertions-deletions (indels), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants Insertions-deletions (indels), Somatic variants
作用机制 多重PCR 多重PCR 多重PCR
内容说明 52个癌基因的DNA和RNA靶点 161个癌基因的DNA和RNA靶点 50种与癌症具有已知关联的基因的热点区域 从15个实体瘤相关基因中扩增250个扩增子
分析时间 5-6小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) 5-6小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) 5小时(仅文库制备;不包括文库定量、归一化或混合时间) 7小时
多重分析 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 96个双标签序列组合 1-24重
手动操作时间 < 1.5小时 <1.5小时 < 1.5小时 3.5小时
扩增子数 共553个。2个混合池。(DNA池:269个扩增子。 RNA池:284个扩增子。) 总共4,648个混合池(DNA混合池1:1,891个扩增子。 DNA池2:1,890个扩增子。 RNA池1:447个扩增子。 RNA池2:420个扩增子。) 共207个。1个混合池。
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA DNA DNA
物种
系统 MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System
说明 针对52个实体瘤相关基因的体细胞分析研究。 与实体瘤癌症相关的基因*热点和全长靶点的体细胞分析研究。 针对50个癌症相关基因的热点区域的体细胞分析研究。

使用20 ng DNA对实体瘤中的15个常见突变基因进行NGS检测。 

起始量 1–100 ng(建议每个混池10 ng) 1–100 ng(建议每个混池10 ng) 1–100 ng(建议每个混池10 ng)

20 ng FFPE DNA 

高覆盖度均一性和中靶比对

使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel对从质量各异的FFPE组织和HD样本中提取的DNA进行评估,并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。Cq是一项指标,用于衡量从FFPE组织中分离的DNA质量。

预期和检测到的变异频率高度一致

使用AmpliSeq for Illumina Focus Panel评估从福尔马林固定的HD样本中提取的DNA,并用MiniSeq和MiSeq系统进行测序。结果表明,检测到的变异频率与预期100%一致。

Panel (2)

AmpliSeq™ Focus Panel for Illumina®

20019164

聚焦DNA和RNA的靶向panel,靶向SNV、插入缺失、CNV和基因融合。试剂盒可进行24次反应。Library PLUS和标签接头均为单独出售。

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Ampliseq™ for Illumina® Focus Panel MiSeq Kit

20024183

Ampliseq™ Focus Panel MiSeq Kit含有文库制备试剂和MiSeq测序试剂,可用于48个样本。包括2个AmpliSeq for Illumina® Focus Panel、1个Ampliseq™ for Illumina® Library PLUS(96次反应)、1个Ampliseq™ for Illumina® CD Indexes Set A以及2个MiSeq Reagent Kit v2(300个循环)。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (4)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus和 Comprehensive Panel v3以及定制或社区RNA Panel)时,包含反应混合物和酶混合物,可将总RNA转化为cDNA。反应次数因panel而异(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、 Comprehensive Panel v3和Custom Panel的每个试剂盒有100次反应,AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus和TCR beta Panel的每个试剂盒有200次反应)。

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AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

与AmpliSeq Library PLUS for Illumina搭配使用时,包含8个单核苷酸多态性(SNP)靶向引物对和1个性别区分引物对,足以进行96次反应。实现快速准确的样本鉴定。单独购买文库制备、探针panel和标签接头。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

包括24次反应,用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA,无需脱蜡或DNA纯化。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时,包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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产品

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订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比,优化的试剂盒可增加簇密度和读长,从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

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