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TruSight RNA Pan-Cancer panel可进行癌症转录组的全面分析。它能提供:
TruSight RNA Pan-Cancer panel能进行基因表达的定量检测,也能进行已知和新型基因融合伴侣的基因融合检测。该panel能够检测总RNA起始量低至10 ng的样本(或起始量低至20 ng的FFPE样本)。这款panel主要关注一部分相关基因,能在台式测序仪上实现高灵敏度的RNA-Seq,能让任何实验室经济高效地实现NGS。
BaseSpace RNA-Seq Alignment App可用于数据分析。这款直观的工具能进行融合检出和变异检测,可提供基因表达图谱,为癌症研究提供了综合的解决方案。
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使用TruSight RNA Pan-Cancer Panel制备了10 ng的人类参考RNA(UHR)、人脑参考RNA(脑)、细胞系RNA(MCF7)和20 ng的乳腺癌(BT)FFPE RNA,在MiSeq系统上进行测序。Read定位和融合检出是在BaseSpace Sequence Hub上使用RNA-Seq Alignment应用程序和STAR比对器进行的。
使用TruSight RNA Pan-Cancer panel制备人类参考RNA(HBRR和UHRR)、细胞系RNA(MCF7)和乳腺癌RNA样本,在MiniSeq系统上以2x76 bp的读长使用单标签对8个样本进行了测序。总产量为4.2 Gb,其中96.8%的碱基分值大于等于Q30。
仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
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MiniSeq System | 每次运行的样本:中通量:2–3,高通量:8(基于每个样本300万条read) | 2×75 bp(最大推荐值) |
MiSeq System | 每次运行8个样本(v3试剂,基于每个样本300万条read) | 2×75 bp(最大推荐值) |
TruSight RNA Pan-Cancer | TruSight RNA Fusion Panel | |
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内容说明 | 具有1385个靶标基因和21,043个靶向外显子区域的泛癌panel。包括507个涉及癌症基因融合的基因。 | 靶向507个癌症相关融合基因和7690个外显子的基因融合panel |
分析时间 | 2.5天 | 2.5天 |
手动操作时间 | 11小时 | 11小时 |
物种类别 | 人类 | 人类 |
特殊的样本类型 | 低起始量样本, FFPE组织 | 低起始量样本, FFPE组织 |
癌症类型 | 泛癌种 | 实体瘤, 泛癌种 |
说明 | 对癌症相关RNA转录本开展全面评估,从而研究多种癌症类型的基因融合、变异和基因表达变化。 | 只需简单的分析解决方案,即可对507个融合相关基因中的已知和未知伴侣进行基因融合检测研究。 |
起始量 | 10 ng总RNA, 20 - 100 ng FFPE RNA | 10 ng总RNA, 20–100 ng FFPE RNA |
Evaluating RNA Quality from FFPE Samples
Technical Note | PDF 1 MB
Data Sheet | PDF < 1 MB
TruSight RNA Pan-Cancer Sequencing Panel Gene List
Product Information Sheet | EXCEL < 1 MB
TruSight RNA Pan-Cancer Panel Documentation
Sequencing Library qPCR Quantification Guide Documentation
Illumina Experiment Manager User Guide Documentation
自定义协议选择器
Generates customized, end-to-end instructions