产品

TruSight Tumor 170

全面的新一代测序（NGS）检测，靶向与实体瘤相关的170个基因。

约2天

分析时间

约10.5小时

手动操作时间

40 ng DNA和/或RNA

起始量

详情请参见规格表

包含NextSeq 500/550 v2测序试剂（货号 OP-101-1003和20018621）已停产。TruSight Tumor 170 Kit with NextSeq v2.5 Reagents（货号20028821）是推荐的替代产品。TruSight Tumor 170 Kit Plus Watson for Genomics（货号20018622）也已停产。如果您需要该分析，请继续直接与IBM合作。因美纳始终致力于为您提供高质量的支持和服务。

概述

TruSight Tumor 170是一种NGS检测方法，可评估170个与常见实体瘤相关的基因。

  • 使用DNA和RNA在一次检测中评估融合、剪接变异、插入/缺失（indel）和单核苷酸变异（SNV）以及扩增

  • 只需40 ng DNA和RNA起始量，即可以5%的等位基因频率检测变异

  • 通过对高质量和低质量FFPE样本进行可靠的小变异检测，最大限度地提高结果

全面覆盖癌症相关变异

使用单个样本的DNA和RNA评估多种变异类型，从而最大限度地提高单检测效率，节省宝贵的组织、时间和资源。专家精选的基于证据的内容为研究人员提供了最有可能在肿瘤发生中发挥作用的变异的全面覆盖。

DNA和RNA的合并工作流程

DNA和RNA文库可同时制备、测序和分析，实现多种类型的体细胞变异的高效评估。

简化的数据分析

使用BaseSpace Sequence Hub上的TruSight Tumor 170应用程序进行测序数据分析和管理。基于Docker的软件上提供本地二级分析。 

性能参数

Cancer type Solid Tumor
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types Low-Input Samples, FFPE Tissue
Variant class Gene fusions, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Structural variants, Somatic variants
内容说明 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。
分析时间 约2天
多重分析 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重
手动操作时间 约10.5小时
技术 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA
物种 人
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500
自动化详情 探索可用的自动化方法
说明 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。
起始量 40 ng DNA和/或RNA

所需产品

需要使用NextSeq 500/550 v2.5试剂和Pierian解读软件。

/

应用

TruSight Tumor 170可高效全面覆盖单个FFPE样本中RNA和DNA中的癌症相关变异（小变异、扩增、剪接变异和融合）。

工作流程示例

1
制备
2
测序
3
分析
Pierian Clinical Genomics Workspace软件

应用说明

使用TruSight Oncology UMI试剂和TruSight Tumor 170 DNA内容检测游离DNA中的低频变异
AACR 2017：TruSight Tumor 170和实体瘤分析 FFPE样本的分析性能
AACR 2017：TruSight Tumor 170用于FFPE DNA样本中的小核苷酸变异和基因扩增
AACR 2017：TruSight Tumor 170，用于FFPE RNA肿瘤样本中的融合和剪接变异

项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Samples per run (high output): 16 (8 DNA + 8 RNA), 10 if DNA only, 16 if RNA only

2 × 101 bp（建议最大）

相关应用和方法

实体瘤分析

新一代测序（NGS）提供了一种全面的方法来评估大部分与实体瘤相关的基因。

用于药物开发的NGS

因美纳为药物开发过程中的多个阶段提供一系列创新的NGS系统、产品和服务。

其他人如何使用该产品
准确鉴定癌症生物标志物为个性化医疗铺平了道路
Almac利用TruSight Tumor 170

文档

产品资料
Support documentation

比较

TruSight Tumor 170 TruSight Oncology 500 High-Throughput（大样本量方案） TruSight Oncology 500 TruSight Oncology 500 ctDNA v2
Cancer type Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor Pan-Cancer, Solid Tumor
Method Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing
Specialized sample types Low-Input Samples, FFPE Tissue FFPE Tissue FFPE Tissue Circulating Tumor DNA, Blood
Variant class Gene fusions, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Structural variants, Somatic variants Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Novel transcripts, Structural variants, Somatic variants Gene fusions, Transcript variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Novel transcripts, Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)
内容说明 探针富集了170个基因的完整编码序列。可检测151个基因中的单核苷酸变异、小插入和缺失，59个基因中的扩增，以及55个基因中的融合和剪接变异。

靶向测序523个目标基因的DNA和55个基因的RNA，panel大小总计为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 

对来自523个基因的DNA和来自55个基因的RNA进行靶向测序，总panel大小为1.94 Mb。包括MSI和TMB测量。 

可选的TruSight Oncology 500 HRD试剂盒（日本不可用）内容包括约25K SNP的覆盖度，可通过Myriad Genetics支持的全面基因组不稳定性评分（LOH+TAI+LST）评估同源重组缺陷。 

 靶向选择523个基因（完整编码序列），panel总共1.94 Mb。
• 免疫肿瘤学生物标志物覆盖度：TMB和MSI
• 指南覆盖范围：广泛覆盖多种实体瘤的重要指南
• 临床试验覆盖范围：600多项临床试验（基于Pierian临床知识库，截至2023年2月）
分析时间 约2天

从样本到结果需要4-5天

从样本到结果需要4-5天

从纯化核酸到变异报告，＜4天
多重分析 使用两个标签集，DNA可重达32重，RNA可重达16重

多达16重（SP流动槽）、32重（S1流动槽）、72重（S2流动槽）和192重（S4流动槽）

 多达8重 在S2上可进行8重分析，在S4上可进行24重分析（使用Xp-4 Lane工作流程，最多16个标签）
手动操作时间 约10.5小时 自动化工作流程约2.5小时。
手动工作流程约10.5小时。		 自动化工作流程约2.5小时。
手动工作流程约10.5小时。

文库制备和富集约2.5小时
技术 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
物种 人 人 人 人
系统 NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 500 Desktop Sequencer, HiSeq 2500 NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 550Dx in Research Mode, NextSeq 500 Desktop Sequencer NovaSeq 6000 System
自动化详情 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法 探索可用的自动化方法
说明 利用DNA和RNA的变异检出信息，在实体瘤中开展全面的体细胞变异检测研究。

一种高通量的综合NGS检测方法，利用NovaSeq 6000系统或NovaSeq 6000Dx仪器（研究模式），通过简化的工作流程鉴定指南和>1K临床试验中的关键生物标志物。覆盖免疫肿瘤学生物标志物MSI和TMB。

该检测能够对FFPE组织进行全面的基因组分析，并在NextSeq 550系统或NextSeq 550Dx仪器（研究模式）上运行，一次最多可批量处理8个样本。

通过液体活检样本（血浆中的ctDNA）的全景基因组图谱分析，提供了一种非侵入性方法，用于癌症研究应用的实体瘤图谱分析。这种液体活检方法利用微创样本采集方法来补充基于组织的CGP，提供了有关肿瘤内和肿瘤间异质性的见解。
起始量 40 ng DNA和/或RNA

40 ng DNA和/或40–80 ng RNA

40 ng DNA和/或40 ng RNA

20 ng cfDNA（4 mL血浆）

选择工具：

文库制备和芯片试剂盒选择器

寻找符合您需求的测序文库制备试剂盒或芯片。按方法、种类等筛选。比较、分享和订购试剂盒。

图

TruSight Tumor 170检测中的基因内容

TruSight tumor 170靶向170个基因中当前RefSeq数据库1的所有编码外显子。这些基因和基因区域覆盖55个基因融合和剪接变异体、148个SNV和插入缺失以及59个扩增。

组合文库制备工作流程

在cDNA合成步骤（RNA）和剪切步骤（DNA）之后，DNA和RNA样本遵循相同的工作流程。

FFPE样本的目标覆盖度

使用TruSight Tumor 170提取并评估来自不同质量FFPE样本的DNA，并在NextSeq 500系统上测序。使用qPCR评估样本质量，以测量DNA扩增潜力。ΔCq值表示每个DNA样本的循环阈值（Ct）减去DNA标准品的Ct值。

相关资源

缩略图
去除癌症的面纱：TruSight Tumor 170基因panel

了解单次检测如何同时检测DNA和RNA，以最大限度地提高单个FFPE样本的产出。

TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)

OP-101-1004

该试剂盒包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。

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TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)

20028821

包含文库制备试剂、富集试剂和测序耗材，能对FFPE样本的170个基因进行实体瘤分析。

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常见问题解答

在文库制备和富集过程中，DNA和RNA样本在样本剪切（DNA）和cDNA合成（RNA）后会经历相同的工作流程。这样可以同时处理DNA和RNA样本。然后，可以在同一个测序运行中对DNA和RNA文库进行测序。

TruSight Tumor 170试剂盒中不包含提取试剂。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（货号80234）已证明与本检测的其他提取方法相比，核酸产量高。QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit包含RNA提取过程中的DNase I消化步骤。您可以自行决定选择其他市售提取试剂盒。

TruSight Tumor 170的性能已在NextSeq 500和NextSeq 550系统以及HiSeq 2500系统上以快速运行模式进行了验证。

Illumina建议添加至少40 ng DNA或RNA。对于高度降解的样本，最多可使用120 ng DNA和85 ng RNA来提高检测性能。

覆盖度可能因样本质量和多重分析水平而异。请查看TruSight Tumor 170应用程序为每次分析生成的DNA_SampleMetricsReport.txt和RNA_SampleMetricsReport.txt文件。此报告包含一个指标，表示覆盖度＞100×的碱基百分比。使用8个高质量DNA和8个高质量RNA样本（16个文库）进行的测序运行表明，在100倍覆盖度下，碱基≥99%。

使用BaseSpace Sequence Hub云环境中提供的TruSight Tumor 170应用程序或本地Docker应用程序来分析TruSight Tumor 170文库。

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将先进的化学、光学和信息学技术相结合，实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比，优化的试剂盒可增加簇密度和读长，从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程，适用于各种测序应用。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征（TMB、MSI和HRD）的大型泛癌panel实现CGP。

NextSeq 500/550 v2.5 Kit

试剂v2.5试剂盒使用弹性流动槽，该流动槽可保持起始荧光强度，与早期版本相比提高了稳定性和性能。

TruSight RNA Pan-Cancer Panel

靶向1385个癌症基因，用于多种RNA样本类型的基因表达、变异和融合检测研究，包括血液、骨髓和FFPE组织。

参考文献： 

1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. NCBI的参考序列（RefSeq）数据库：当前状态、分类扩展和功能注释。核酸 Res. 2016；44（D1）：D733-45。

 doi：10.1093/nar/gkv1189

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