AmpliSeq for Illumina TCR beta-SR Panel

FFPE兼容panel,可通过对T细胞受体β链重排进行测序来测量肿瘤样本中的T细胞多样性和克隆扩增。

<1.5小时

手动操作时间

1 ng

起始量

详情请参见规格表

概述

AmpliSeq for Illumina TCR beta-SR(Short Read)Panel是一种高度多重靶向重测序panel,可用于多种样本类型,包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肿瘤样本。该产品通过对T细胞受体(TCR)β链重排进行测序来检测T细胞多样性及克隆扩增。您可以使用包含多重PCR引物、文库试剂和样本条形码的单一混池,采用从FFPE、全血、新鲜冷冻组织或经过荧光活化分选(FACS)的细胞中提取的DNA/RNA制备文库。

主要特点包括:

  • 高价值内容——全面覆盖TCR β链序列

  • 简单、简化的工作流程——在一天内从FFPE、全血、新鲜/冷冻组织或荧光激活的细胞分选(FACS)细胞中制备可用于测序的文库

  • 低起始量需求—— 仅需10 ng起始量RNA即可生成高质量的测序文库

AmpliSeq for Illumina TCR beta-SR Panel是集成工作流程的一部分,该工作流程包括AmpliSeq for Illumina聚合酶链式反应(PCR)的文库制备、因美纳边合成边测序(SBS)化学技术、新一代测序(NGS)技术以及自动化分析过程。

即用型panel助您节省鉴定目标基因、设计引物和优化panel所需的时间和精力。它能够表征TCR β链的高变互补决定区3(CDR3)。这些信息能够帮助免疫学研究人员了解免疫功能、自身免疫性疾病和免疫介导的不良反应。

深入了解AmpliSeq for Illumina


性能参数


所需产品

AmpliSeq for Illumina文库制备工作流程需要panel、文库制备试剂(Library PLUS)和标签。以下产品可用于cDNA合成、样本鉴定和FFPE样本制备:

  • 使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel时,需用AmpliSeq cDNA Synthesis for Illumina将总RNA转变为cDNA。
  • 使用AmpliSeq for Illumina文库制备方法进行文库归一化时,AmpliSeq Library Equalizer for Illumina是一款简便易用的解决方案。
  • AmpliSeq for Illumina Direct FFPE DNA可以采用AmpliSeq for Illumina实验方案使用FFPE组织制备DNA和构建文库,无需去除石蜡或进行DNA纯化。
/

应用

工作流程示例

1
制备

AmpliSeq for Illumina TCR beta-SR Panel

AmpliSeq for Illumina Library PLUS

AmpliSeq for Illumina CD Indexes

AmpliSeq for Illumina cDNA Synthesis


项目建议

仪器 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp

MiSeq System

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp

NextSeq 550 System

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp


相关应用和方法

比较

AmpliSeq for Illumina TCR beta-SR Panel AmpliSeq for Illumina Immune Repertoire Plus, TCR beta Panel
Automation capability Liquid Handling Robots
Cancer type Solid Tumor
Method Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing Targeted RNA Sequencing, Amplicon Sequencing
Specialized sample types FFPE Tissue, Blood Blood
Variant class Transcript variants Transcript variants
アッセイ時間 5.5~7.5時間(時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない)
作用机制 多重PCR 多重PCR
内容说明 对TCR β链重组进行测序,读取长达80 bp的扩增子,从而确定CDR3的特征。 对TCR β链重排的RNA评估,包括CDR1、CDR2和CDR3(具有最多400 bp读长的扩增子)
手动操作时间 <1.5小时 < 1.5小时
扩增子数 不定
技术 Illumina测序 Illumina测序
核酸类型 DNA, RNA RNA
物种
目标插入片段大小 80 bp
系统 MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System
起始量 1 ng

选择工具:

Panel (1)

AmpliSeq™ for Illumina® TCR beta-SR Panel

20031675

与AmpliSeq Library PLUS for Illumina配对时,足够用于24个DNA或RNA样本。包含AmpliSeq dNTP Mix for Illumina。单独购买文库制备、标签接头和配套产品。

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文库制备 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

包含用于制备24个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

包含用于制备96个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

包含用于制备384个文库的试剂。单独购买AmpliSeq for Illumina panel和标签接头。

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标签接头 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

包含足以标记24个样本的24个标签。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和富集试剂以及探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

包含96个标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂、富集试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备试剂和探针panel。

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

包含四组AmpliSeq CD Indexes for Illumina、Set A、Set B、Set C和Set D。每组包含96、8 bp标签,足以标记96个样本。单独购买文库制备和探针panel。

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配套产品 (3)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

使用AmpliSeq for Illumina RNA Panel(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus和 Comprehensive Panel v3以及定制或社区RNA Panel)时,包含反应混合物和酶混合物,可将总RNA转化为cDNA。反应次数因panel而异(例如,AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、 Comprehensive Panel v3和Custom Panel的每个试剂盒有100次反应,AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus和TCR beta Panel的每个试剂盒有200次反应)。

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

在制备用于测序的AmpliSeq for Illumina文库时,包含用于文库归一化的磁珠和试剂。

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

包括24次反应,用于使用AmpliSeq for Illumina实验方案从未染色的玻片固定FFPE组织中制备DNA,无需脱蜡或DNA纯化。

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选择汇总

产品

数量

Unit Price

订购NovaSeq X系列

将先进的化学、光学和信息学技术相结合,实现了超凡的速度和数据质量、出色的通量和可扩展性。

MiSeq Reagent Kit v3

与早期版本相比,优化的试剂盒可增加簇密度和读长,从而提高测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

Illumina DNA Prep

快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

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