COVIDSeq Assay(96个样本)
这种中低通量NGS检测使任何规模的实验室都能识别和追踪新型SARS-CoV-2变异的出现和流行。
文库制备和富集试剂盒,可提供高度灵敏、全面的呼吸道病原体鉴定和抗菌素耐药性见解。
分析时间
手动操作时间
起始量
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel(RPIP)Kit是基于新一代测序(NGS)的呼吸道病原体panel和文库制备和富集试剂盒,可在单次检测中靶向>280种呼吸道病原体和>2000种抗菌素耐药性(AMR)标志物,提供病原体鉴定和相关AMR信息。
与Illumina测序系统和Explify RPIP数据分析应用程序一起,灵活且可扩展的从样本到结果的工作流程为在临床研究环境中鉴定与呼吸道感染相关的病原体提供了一种快速、经济高效的解决方案。
Automation capability | Liquid Handling Robots |
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Method | Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing |
作用机制 | 磁珠上酶切法片段化,然后进行单个杂交步骤 |
内容说明 | 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA,同时分析抗菌药物耐药性(AMR)基因表达。 |
分析时间 | 文库制备时间<9小时 |
多重分析 | 使用唯一双标签,单次运行最多可分析384个样本 |
手动操作时间 | 文库制备时间<2小时 |
技术 | Illumina测序 |
核酸类型 | DNA, RNA |
物种 | Fungal, Virus, Bacteria |
物种详情 | 检测呼吸道病原体(180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒,包括SARS-CoV-2)和抗菌药物耐药性等位基因(1200多种)。 |
系统 | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System |
自动化详情 | 探索可用的自动化方法 |
说明 | 鉴定呼吸道感染和合并感染,检测抗菌药物耐药性标志物,并对关键病原体(SARS-CoV-2和Flu A/B病毒)进行菌株分型,以研究病毒的进化和传播。 |
起始量 | 基于体积(非浓度依赖性) |
除了Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit外,您还需要测序仪器、兼容的测序试剂以及用户指南中文档部分列出的其他产品。
仪器 | Recommended number of samples | Read length |
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MiniSeq System | MiniSeq Rapid Kit: 20 samples per run based on 1M single reads per sample. MiniSeq High-Output Kit: 25 samples per run based on 1M single reads per sample. |
快速试剂盒:1 × 100 bp。高通量试剂盒:1 × 75 bp |
MiSeq System | MiSeq v3 Kit: 25 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. MiSeq v2 Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. |
MiSeq v3 Kit:2 × 75 bp MiSeq v2 Kit:2 × 150 bp |
NextSeq 550 System | NextSeq 550 High-Output Kit: 384 (available indexes) samples per run based on 2M paired-end reads per sample. NextSeq 550 Mid-Output Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. |
NextSeq 550 High-Output Kit:2 × 75 bp。NextSeq 550 High-Output Kit:2 × 150 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit:2 × 75 bp。NextSeq 550 Mid-Output Kit:2 × 150 bp。 |
NGS can identify novel coronavirus variants, track COVID-19 transmission, and more. Compare NGS methods for various coronavirus sequencing goals.
NGS supports effective genomic surveillance strategies through identification of novel strains of coronavirus and other emerging infectious disease agents.
这些免费工具可加速冠状病毒的检测和鉴定,进行宿主反应研究,简化样本追踪并为公共数据库做出贡献。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | |
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Automation capability | Liquid Handling Robots | Liquid Handling Robots |
Method | Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing | Target Enrichment, Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing |
作用机制 | 磁珠上酶切法片段化,然后进行单个杂交步骤 | 磁珠上酶切法片段化,然后进行单个杂交步骤 |
内容说明 | 同时检测呼吸道病原体DNA和RNA,同时分析抗菌药物耐药性(AMR)基因表达。 | 靶向并表征约40种常见呼吸道病毒,包括SARS-CoV-2、甲型和乙型流感病毒、腺病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒和其他常见呼吸道病毒。 |
分析时间 | 文库制备时间<9小时 | 文库制备时间<9小时 |
多重分析 | 使用唯一双标签,单次运行最多可分析384个样本 | 使用唯一双标签,单次运行最多可分析384个样本 |
手动操作时间 | 文库制备时间<2小时 | 文库制备时间<2小时 |
技术 | Illumina测序 | Illumina测序 |
核酸类型 | DNA, RNA | DNA, RNA |
物种 | Fungal, Virus, Bacteria | 人, Virus |
物种详情 | 检测呼吸道病原体(180多种细菌、50多种真菌和40多种病毒,包括SARS-CoV-2)和抗菌药物耐药性等位基因(1200多种)。 | 检测常见呼吸道病毒,包括最近的流感毒株和SARS-CoV-2。该panel包括作为阳性对照的人类靶标探针,因此可以在每个分析样本中检测到这些人类靶标。 |
系统 | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, MiniSeq System | MiSeq Desktop Sequencer, NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, MiniSeq System |
自动化详情 | 探索可用的自动化方法 | 探索可用的自动化方法 |
说明 | 鉴定呼吸道感染和合并感染,检测抗菌药物耐药性标志物,并对关键病原体(SARS-CoV-2和Flu A/B病毒)进行菌株分型,以研究病毒的进化和传播。 | 用于检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒的简化工作流程。不可知的设计允许广泛鉴定多种目标样本类型的致病病毒。 |
起始量 | 基于体积(非浓度依赖性) | 10-100 ng |
靶向富集探针和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit工作流程可均匀覆盖panel中与探针完全平铺的两种病毒。
使用Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit,除烟曲霉外,可检测到多达100个基因组拷贝的病原体。甲型流感的检测灵敏度更高,可检测到10个基因组拷贝。
Respiratory Pathogen ID/AMR Panel Kit能够使用掺入对照品定量病原体水平,然后使用Explify RPIP数据分析应用程序进行分析。此图显示了通过qPCR和NGS确定的临床研究样本中SARS-CoV-2病毒载量的比较。两种方法显示出显著的相关性,Spirman r = 0.87,重要的是,这种NGS方法不需要生成qPCR等标准曲线。
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20047050
包括文库制备和富集所需的所有试剂,包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel,可从96个样本制备文库,然后进行32次3重富集反应。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)
20046969
包括文库制备和富集所需的所有试剂,包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel,可从96个样本制备文库,然后进行32次3重富集反应。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047051
包含文库制备和富集所需的所有试剂,包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set C和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel,可从96个样本制备文库,然后进行32次3重富集反应。
List Price:
Discounts:
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 Samples)
20047052
包括文库制备和富集所需的所有试剂,包括Illumina RNA Prep with Enrichment试剂盒试剂、IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D和Respiratory Pathogen ID/AMR Panel,可从96个样本制备文库,然后进行32次3重富集反应。
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结果列出了至少具有最低支持水平的靶向呼吸道病原体,表明它们可能存在于样本中。这一决定是基于支持read数量和机器学习生成和解读的病原体序列数据做出的。
AMR基因与相关细菌和抗生素一起列出,它们可以对它们产生耐药性。
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