新一代测序的成本
重新定义探索所需的成本
自从人类基因组计划完成以来，新一代测序（NGS）成本降低的速度已经大大超过了摩尔定律。通过不断的创新，Illumina为降低NGS的成本做出了贡献，实现了1000美元的人类基因组测序。
随着新一代测序成本的持续降低，Illumina正引领着行业的发展，促使NGS更经济实惠、更加普及。我们致力于帮助各种规模的实验室充分利用这项强大技术的潜力。利用这些资源，我们将指导您了解规划NGS预算时需要考虑的关键因素。
新一代测序的成本比较
评估NGS成本时需考虑研究的样本量。一般而言，分析少量样本的少量靶点（＜20）可以使用传统的方法，比如桑格测序或qPCR。NGS更适合超过20个目标区域或高样本量的测序。
NGS的探索能力更强，灵敏度更高，可以检测新的或罕见的变异。它提供了一种无假设的方法，不需要事先了解序列信息。这些见解对于探索发现和推动研究成果非常有用。
新一代测序的成本考量
预估NGS成本时需考虑以下因素：
- 仪器购买
- 每个样本的成本（比如，DNA分离、文库制备及测序试剂）
- 数据分析和存储
- 可选的仪器支持计划
- 可选的培训和预防性维护
还需考量其他的实验设备，比如：
- 核酸定量仪器
- 核酸质量分析仪
- PCR仪
- 超声波破碎仪（用于某些文库制备方法）
- 离心机
- 常见的实验室用品（比如，移液器、96孔板、离心管）
每个样本的NGS成本示例
| 应用 | 每个样本的估算成本 | 实验参数 |
|---|---|---|
| 靶向基因表达图谱 | 23美元 | 根据采用的运行计算每个样本的成本：
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| 16S宏基因组测序 | 18美元 | 根据采用的运行计算每个样本的成本：
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NGS数据分析的成本
NGS数据储存与分析的成本是新手最常见的问题之一。有三个因素会影响您的数据分析预算：
- 获得数据分析软件平台的授权许可
- 储存数据（通常是授权成本的一部分）
- 运行数据分析应用程序（也称为计算成本）
计算成本会随着分析的测序数据量而变化。为了帮助您计算研究中NGS数据分析的成本，我们估算了常用方法生成的数据量。
| 应用 | 估算数据产出 |
|---|---|
| 人类全基因组测序（30倍的覆盖度） | ~120 Gb |
| 人类外显子组测序（100倍的覆盖度） | ~8 Gb |
| 微生物全基因组测序 | ~300 Mb |
| 16S rRNA测序 | ~60 Mb |
1兆碱基（Mb）= 1,000,000碱基
1千兆碱基（Gb）= 1,000,000,000碱基
生成的数据量与实验的测序覆盖度水平有关。
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