可靠、无偏倚的转录分析

利用新一代RNA-Seq研究微生物转录组和宏转录组

微生物转录组学

微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性,了解宿主-病原体免疫相互作用,量化基因表达变化以及追踪疾病进展具有重要意义。细菌、病毒和其他微生物的新一代RNA测序(RNA-Seq)已经成为分析转录组和宏转录组信息的标准方法。

转录组是生物体基因组编码的全部RNA的集合。宏转录组为复杂样本中一群生物编码的全部RNA的集合。

对细菌、病毒及其他微生物进行RNA-Seq能够对广泛的微生物转录本进行注释和定量。提取细胞RNA并将其转换为cDNA,用于测序文库的制备。然后,将序列read与参考基因组进行比对,提供有关外显子连接和剪接位点等特征的定性信息,以及可与多个实验集进行比较的定量转录本数据。

与芯片等基于杂交的方法不同,RNA-Seq能够无偏差地对常见和新型转录本进行链特异性鉴定。广泛的动态范围使我们能够在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中确定高表达和低表达的基因。可以使用适合自动化的一体化工作流程一次处理多个样本。

在进行微生物转录组学研究时去除rRNA

Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit可在进行RNA-Seq前去除rRNA,让您专注于转录组的高价值部分。该技术说明展示了该试剂盒在微生物分离物和群落样本中去除rRNA的能力,并与之前版本的试剂盒进行了比较。

阅读技术说明
Microbial Transcriptomics with rRNA Depletion

特色微生物基因组学研究

 
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有多种方法可以开展这类实验,但工作流程的每个步骤都有一些推荐使用的产品。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

使用多种样本快速制备文库,以极大的灵活性来研究编码和非编码转录组。

Nextera XT Library Prep Kit

制备细菌、病毒和其他微生物的可直接用于测序的文库,用于分析转录组和宏转录组信息。

注意:如果您使用RNA提取试剂盒,您需要生成dsDNA模板。

台式测序系统

MiSeq系统

快速、准确、简便,适用于微生物学的深层次应用。

NextSeq 2000系统

突破性的台式测序仪让您能够以更高的效率和更少的限制探索当前和新兴应用中的新发现。

高通量测序
具有高通量微生物转录组学的强大功能,可根据您的项目或工作流程需要灵活改变规模。

NovaSeq 6000系统

高通量、低成本,可以进行大规模基因组测序。

BaseSpace App 用于转录本分析

DRAGEN Reference Builder

此应用程序接受FASTA文件,并且可构建DRAGEN应用程序使用的专有参考。

DRAGEN RNA Pipeline

进行比对、定量和融合检测。

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