Infinium Asian Screening Array-24 Kit

一款功能强大、经济高效的基因分型芯片,适用于东亚人群的大规模遗传研究和药物基因组学。

约2304个样本/周(估计假设1个iScan系统、1个AutoLoader、2个Tecan机器人,每周工作5天) 

样本通量

每张芯片24个样本

样本数量

固定标记物:约660,000,定制标记物扩展容量可达50,000

标志物数量

详情请参见规格表

概述

Infinium Asian Screening Array Kit包含24个样本的BeadChip以及用于东亚和东南亚人群群体遗传研究的试剂。

  • 使用东亚参考panel,包含>9K个全基因组序列,包括覆盖千人基因组计划中代表性不足的群体

  • 包括最新的临床研究和疾病相关内容

  • 保持高数据质量,检出率>99%,重现性>99.9%

专家精选内容

该芯片是与领先机构合作设计的。内容包括使用临床研究变异的全基因组骨架、QC标记、发现panel和自定义附加内容。

广泛采用

该芯片建立在Infinium Global Screening Array的商业成功基础之上。全球用户群体订购了>20M样本的Illumina Infinium芯片。 

稳定且可扩展

多种样本类型(例如唾液、血液、口腔拭子和FFPE样本)均支持基因分型和CNV检出。高通量工作流程最大限度地提高了样本处理,同时最大限度地降低了成本、仪器、实验室空间和手动操作时间。

预设计的增强内容可作为可选附加内容提供。


性能参数


所需产品

将您选择的试剂盒大小与每次运行的样本数量相匹配。每个试剂盒均按单批次处理,不可用于多个实验。如果要处理多个低通量批次,请订购多个小型试剂盒。

您可以选择使用DesignStudio自定义您的内容,也可以从联盟助推器提供的附加内容列表中选择。多种疾病标志物(约5万个SNP)提供了增强子附加内容。

请咨询您的销售代表,确认供货情况和定价。

Infinium FFPE QC Kit和Infinium HD FFPE DNA Restore Kit是可选的,但建议将Infinium Asian Screening Array与福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本一起使用。

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应用

Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 BeadChip支持经济高效、可扩展的东亚人群基因组筛查,适用于广泛的临床研究和变异筛查应用,包括疾病关联和风险分析研究、药物基因组学研究、疾病表征、生活方式和健康表征以及复杂疾病的标志物发现。

工作流程示例


相关应用和方法


其他人如何使用该产品

比较

Infinium Asian Screening Array-24 Kit Infinium Global Screening Array-24 Kit Infinium Global Diversity Array-8 Kit
Assay type Infinium HTS Infinium HTS Infinium LCG
Automation capability Liquid Handling Robots, Automated Array Loader Liquid Handling Robots, Automated Array Loader Liquid Handling Robots, Automated Array Loader
Method Genome-Wide Genotyping Array, High-Throughput Genotyping Array Genome-Wide Genotyping Array, High-Throughput Genotyping Array Genome-Wide Genotyping Array
Specialized sample types FFPE Tissue, Blood FFPE Tissue, Buccal Swabs, Blood, Saliva FFPE Tissue, Buccal Swabs, Blood, Saliva
Variant class Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants Chromosomal abnormalities, Copy number variants (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants, Loss of heterozygosity (LOH)
技术 Illumina芯片 Illumina芯片 Illumina芯片
标志物数量 固定标记物:约660,000,定制标记物扩展容量可达50,000

654,027个固定标记。自定义标记附加功能: 高达100K 

1,825,277个固定标记。定制标记物扩展容量:高达175K

样本数量 每张芯片24个样本 每张芯片24个样本 每个芯片8个样本
样本通量

约2304个样本/周(估计假设1个iScan系统、1个AutoLoader、2个Tecan机器人,每周工作5天) 

每周约5760个样本 每周约1728个样本
核酸类型 DNA DNA DNA
物种
系统 iScan iScan iScan
说明

先进的基因分型芯片,为东亚和东南亚人群的群体规模遗传研究、变异筛查和精准医疗研究提供了高价值、可扩展且经济高效的解决方案。 

Infinium Global Screening Array-24 Kit是用于群体规模遗传学、转化研究、变异筛查研究和精准医学研究的经济型基因分型芯片,结合了优化的多种族全基因组内容、精选的临床研究变异和QC标记。

8样本的Infinium Diversity Array为整个基因组的4800多个关键基因提供了目标区域覆盖度。BeadChip中包含约180万个标记物,可高度覆盖疾病相关区域的外显子,提供高度准确的拷贝数变异检出,平均分辨率为1.5 Mb。
起始量 200 ng gDNA 200 ng DNA 200 ng DNA

选择工具

Infinium Asian Screening Array上的临床研究内容

临床研究内容是由专家从科学界公认的数据库中挑选的,用于为临床研究应用创建一款信息量大的芯片。变异数量为2018年8月的最新数据,可能会变化。

广泛的药物基因组学标志物

临床研究内容包含根据CPIC1指南和PharmGKB2数据库选择的大量药物基因组学标记。这些标记是根据PharmGKB数据库定义的可信度水平来安排的。VIP,非常重要的药物基因。

用于构建Infinium Asian Screening Array的全基因组序列

用于构建Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 BeadChip的全基因组测序数据包括韩国、蒙古和马来西亚样本,目前尚未在公开的参考群体中展示。

侧重于群体 缩写: 队列 测序深度
中国人 CHS-GIS 新加坡基因组研究院 30×
中国南方汉族人 CHS 1000G——中国南方汉族人 2–4×
中国傣族人 CDX 1000G——中国西双版纳傣族人 2–4×
中国汉族人 CBD 1000G——北京 2–4×
日本人 R-JAP1 RIKEN W13 15×
日本人 R-JAP2 RIKEN W1–6 30×
日本人 R-JAP3 RIKEN W18 >30×
日本人 K-JAP 京都 3–15×
日本人 JAP 1000G——东京 2–4×
韩国人 M-KOR MACROGEN 15–30×
韩国人 KPGP 韩国个人基因组计划(KPGP) 约35倍
马来西亚人 MAL 新加坡群体健康研究 30×
蒙古人 MON MACROGEN 30×
越南语 KVT 1000G——胡志明市京族人 >2–4×
  1. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). cpicpgx.org. Accessed October 2016.

  2. PharmGKB,药物基因组学知识库。www.pharmgkb.org。2017年1月访问。

固定内容 (3)

Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 Kit (48 samples)

20016317

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒内有2个BeadChip芯片和可用于48个DNA样本的扩增、片段化、杂交、标记和检测试剂。

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Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 Kit (288 samples)

20016318

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒包含12个BeadChip芯片,以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测288个DNA样本的试剂。

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Infinium Asian Screening Array-24 v1.0 Kit (1152 samples)

20016319

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒包含48个BeadChip芯片,以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测1152个DNA样本的试剂。

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附加内容 (3)

Infinium Asian Screening Array-24+ v1.0 Kit (48 samples)

20016320

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒内有2个BeadChip芯片和可用于48个DNA样本的扩增、片段化、杂交、标记和检测试剂。

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Infinium Asian Screening Array-24+ v1.0 Kit (288 samples)

20016321

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒包含12个BeadChip芯片,以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测288个DNA样本的试剂。

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定制

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Infinium Asian Screening Array-24+ v1.0 Kit (1152 samples)

20016322

Asian Screening Array是一种通用的全基因组芯片,用于经济的遗传风险筛查。每个试剂盒包含48个BeadChip芯片,以及用于扩增、片段化、杂交、标记和检测1152个DNA样本的试剂。

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配套产品 (2)

Infinium FFPE QC Kit (384 reactions)

WG-321-1001

Infinium FFPE QC Kit是使用Nextera Flex for Enrichment鉴定FFPE样本所需的配套产品。文库制备、富集、富集探针panel以及标签接头试剂需单独订购。

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Infinium HD FFPE DNA Restore Kit (24 samples)

WG-321-1002

该试剂盒内含一组用于修复受损FFPE DNA的新型试剂。修复后的DNA可通过支持FFPE的Illumina Infinium BeadChip芯片进行基因分型,以获得高质量的数据。Infinium FFPE Restore Kit内的试剂可供修复24个FFPE DNA样本。

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常见问题解答

是的,FFPE样本可以在Infinium Asian Screening Array -24 v1.0 BeadChip上使用Infinium FFPE QC KitInfinium FFPE Restore Kit运行。

在iScan系统上扫描每个样本需要2.5分钟。

Infinium Asian Screening Array BeadChip Kit包含BeadChip和试剂,可使用高通量、简化的Infinium工作流程扩增、片段化、杂交、标记和检测遗传变异。

Infinium Asian Screening Array包括亚洲发现panel,其中标签SNP选择的变异>45K,用于填补靶向芯片的覆盖度和推定的功能丧失。如需了解更多信息,请参阅数据表
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与v1试剂盒相比,为MiSeq系统提供更高的簇密度和读长的试剂盒,提高了测序质量分值。

TruSight Oncology 500

使用涵盖所有主要变异类别以及来自FFPE组织的基因特征(TMB、MSI和HRD)的大型泛癌panel实现CGP。

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快速、集成的文库制备工作流程,适用于各种测序应用。

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