10/26/2022
Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外,使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间,表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。
仪器 |
cBot上 簇生成 |
测序仪器上簇生成 |
每个循环的时间(分钟) |
模板构建暂停时间** |
双端测序反转时间 |
快速清洗/手动或者维护清洗(分钟) |
iSeq 100 |
N/A |
5小时 |
2.2 |
N/A |
52 分钟 |
无需清洗 |
MiniSeq |
N/A |
90分钟 |
3.5 |
测序继续 |
60 分钟 |
20 / 75 |
MiSeq v2 |
N/A |
60分钟 |
4.5 |
测序继续 |
31 分钟 |
运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟 |
MiSeq v3 |
N/A |
70分钟 |
6 |
测序继续 |
50 分钟 |
运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟 |
NextSeq 500/550 |
N/A |
2.5小时 |
4.6 |
测序继续 |
60 分钟 |
20 / 90 |
NextSeq 1000/2000 P1 |
N/A |
3.75小时 |
2.5 |
N/A |
40 分钟 |
可选择性清除试剂:1.5小时 |
NextSeq 1000/2000 P2 |
N/A |
4小时 |
3.5 |
N/A |
40 分钟 |
可选择性清除试剂:1.5小时 |
NextSeq 1000/2000 P3 |
N/A |
4小时 |
5 |
N/A |
45 分钟 |
可选择性清除试剂:3小时 |
HiSeq 2500 |
N/A |
1.5小时 |
7 |
1.5 - 2 小时 |
1 小时 |
15 / 60 |
HiSeq 2500 |
1 小时 |
1.5小时 |
7 |
1.5 - 2 小时 |
1 小时 |
15 / 60 |
HiSeq 2500 |
< 5 小时 |
N/A |
53 |
4 - 8 小时 |
4.5 小时 |
20(清洗限于位置1-8)或者 |
HiSeq 2500 |
2 小时 |
N/A |
19 |
5 - 6 小时 |
3 小时 |
20(清洗限于位置1-8)或者 |
HiSeq |
双端3小时 单端4小时 |
N/A |
12# |
N/A |
2.5 小时 |
20(清洗限于位置1-8)或者 |
HiSeq X v2.5 |
3小时 |
N/A |
12# |
N/A |
2.5 小时 |
20(清洗限于位置1-8)或者 |
NovaSeq 6000 |
N/A |
130¤分钟 |
SP/S1 = 3.5 |
N/A |
48 分钟 |
运行后清洗20分钟,维护清洗80分钟 |
NovaSeq X/X Plus |
N/A |
4.6小时 |
B10 = 2.8 |
N/A |
50 分钟 |
运行后清洗110分钟,维护清洗180分钟 |
表1:每台仪器和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间
* OBCG = 测序仪器上进行簇生成
** 模板构建时间会根据簇密度而变化
¤ XP工作流程大约115分钟,因为ExAmp步骤被跳过了
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环
预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理,或者网络定位速度很慢,运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间,以及其他测序运行规格,可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。