Illumina测序平台上每个测序步骤的运行时间预测

10/26/2022


Illumina测序的运行时间包括簇生成、边合成边测序化学循环、双端化学反应和清洗步骤。此外,使用非Pattern模式的flow cell的运行在构建模板时会暂停一段时间。为了帮助规划测序工作流程和预测整体运行时间,表1根据Illumina测序平台和试剂版本总结了每个测序步骤的预估时长。

仪器

cBot上 簇生成

测序仪器上簇生成

每个循环的时间(分钟)

模板构建暂停时间**

双端测序反转时间

快速清洗/手动或者维护清洗(分钟)

iSeq 100

N/A

5小时

2.2

N/A

52 分钟

无需清洗

MiniSeq

N/A

90分钟

3.5

测序继续

60 分钟

20 / 75

MiSeq v2

N/A

60分钟

4.5
(Micro = 3 Nano = 2.5)

测序继续

31 分钟

运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟

MiSeq v3

N/A

70分钟

6

测序继续

50 分钟

运行后清洗20分钟,模板管路清洗30分钟,维护清洗90分钟

NextSeq 500/550

N/A

2.5小时

4.6

测序继续

60 分钟

20 / 90

NextSeq 1000/2000 P1

N/A

3.75小时

2.5

N/A

40 分钟

可选择性清除试剂:1.5小时

NextSeq 1000/2000 P2

N/A

4小时

3.5

N/A

40 分钟

可选择性清除试剂:1.5小时

NextSeq 1000/2000 P3

N/A

4小时

5

N/A

45 分钟

可选择性清除试剂:3小时

HiSeq 2500
RRv2 OBCG*

N/A

1.5小时

7

1.5 - 2 小时

1 小时

15 / 60

HiSeq 2500
RRv2 w/ cBot

1 小时
(只传递模板,没有进行桥式扩增)

1.5小时

7

1.5 - 2 小时

1 小时

15 / 60

HiSeq 2500
TruSeq v3

< 5 小时

N/A

53
67 (如果同时运行两张芯片)

4 - 8 小时

4.5 小时

20(清洗限于位置1-8)或者
60 / 130

HiSeq 2500
HiSeq v4

2 小时

N/A

19
30 (如果同时运行两张芯片)

5 - 6 小时

3 小时

20(清洗限于位置1-8)或者
60 / 130

HiSeq
3000/4000

双端3小时

单端4小时

N/A

12#
16# (如果同时运行两张芯片)

N/A

2.5 小时

20(清洗限于位置1-8)或者
60 / 130

HiSeq X v2.5

3小时

N/A

12#

N/A

2.5 小时

20(清洗限于位置1-8)或者
60 / 130

NovaSeq 6000

N/A

130¤分钟

SP/S1 = 3.5
S2 = 5
S4 = 6.75

N/A

48 分钟

运行后清洗20分钟,维护清洗80分钟

NovaSeq X/X Plus

N/A

4.6小时

B10 = 2.8

N/A

50 分钟

运行后清洗110分钟,维护清洗180分钟

表1:每台仪器和该仪器支持试剂的每个测序步骤的大致时间
* OBCG = 测序仪器上进行簇生成
** 模板构建时间会根据簇密度而变化
¤ XP工作流程大约115分钟,因为ExAmp步骤被跳过了
# 在这些运行中第2-5个循环可能需要大约25分钟/每个循环

预计运行时间将取决于簇密度和可用的计算机资源。如果硬盘没有足够的空间进行数据处理,或者网络定位速度很慢,运行时间可能会延长。Illumina平台最大读数长度的总运行时间,以及其他测序运行规格,可以在 Illumina Sequencing Platforms 上找到。