Ein PhiX-Validierungslauf bestätigt die ordnungsgemäße Hardware- und Softwareleistung des Instruments. Die Illumina PhiX-Kontrollbibliothek ist ein ausgewogenes Genom mit relativ gleicher Repräsentation der A-, T-, G- und C-Nukleotide. PhiX hat keinen Index und ist kein geeignetes Mittel zur Bewertung der Indexleseleistung. Im Folgenden finden Sie Anweisungen zum Einrichten des Samplesheets für einen PhiX-Validierungslauf für das MiSeq-System mit Illumina Experiment Manager (IEM) v1.18.1.

1. Öffnen Sie den Illumina Experiment Manager und wählen Sie Create Sample Sheet.
2. Wählen Sie das MiSeq-Instrument und wählen Sie dann Next.
3. Wählen Sie Other.
   
4. Wählen Sie FASTQ Only und dann Next.
   
5. Geben Sie die folgenden FASTQ Only Run Einstellungen ein
   1. Reagenzien-Barcode eingeben
   2. Wählen Sie TruSeq Nano DNA als Library Prep Workflow aus
   3. Wählen Sie TruSeq DNA Single Indexes (A & B)
   4. Wählen Sie 0 für den Index*
   5. Geben Sie den Versuchsnamen ein
   6. Geben Sie die Anzahl der Zyklen für Read 1 und Read 2 ein
      
      * Es ist wichtig, dass 0 (None) Index Reads ausgewählt sind, da die PhiX-Bibliothek keinen Index enthält. Das Einfügen eines Index Reads kann dazu führen, dass der Lauf vorzeitig beendet wird.
6. Wählen Sie am unteren Bildschirmrand die Option Add Blank Row und geben Sie Ihre Proben Information ein
   
7. Wählen Sie Finish und speichern Sie das Beispielblatt als CSV-Datei

Die Lauflänge und -parameter variieren je nach Fehlerbehebungsbedarf und Version der Reagenzien. Die empfohlene minimale Leselänge beträgt 26 Zyklen für Read 1 und Read 2, wenn ein MiSeq v2 50-Zyklus-Kit verwendet wird.

Hinweis: Einige ältere Versionen des Illumina Experiment Managers verfügen nicht über separate Dropdown-Menüs für den Library Prep Workflow und die Indexadapter. Wählen Sie für Versionen mit nur einem Dropdown-Menü für das Library Prep Kit „TruSeq LT“ als Workflow aus.

Weitere Informationen zum Illumina Experiment Manager und zur Vorbereitung von PhiX für die MiSeq-Sequenzierungsplattform finden Sie in den folgenden Dokumenten:

• Illumina Experiment Manager User Guide
• MiSeq System Denature and Dilute Libraries Guide
• PhiX loading concentrations for validation runs on Illumina sequencing platforms