Se il MiSeq non riesce a misurare la velocità di flusso (flow rate) all'avvio di una corsa, eseguire i seguenti passaggi per risolvere il problema. I passaggi 1 e 2 possono essere eseguiti insieme prima di ripetere il controllo del flusso (flow check).

1. 1. Ispezionare la flow cell e la guarnizione per eventuali segni di danneggiamento:
   1. Aprire la porta del MiSeq e rimuovere la flow cell.
   2. Verificare che la guarnizione della flow cell sia a filo come mostrato nelle immagini seguenti.
   
   
   
   3. Se la guarnizione è sollevata o deformata, non utilizzare questa flow cell. Invia un'e-mail all'assistenza tecnica (Technical Support) per ottenere la sostituzione della flow cell difettosa. L'assistenza tecnica chiederà i numeri di lotto e di serie della flow cell interessata e potrebbe richiedere un'immagine della guarnizione difettosa per il controllo di qualità. Procedere con i controlli pre-corsa (pre-run checks) utilizzando una nuova flow cell proveniente da un altro kit, se disponibile.
   4. Se la guarnizione è a filo con la cartuccia di plastica, pulire e riposizionare la flow cell.
2. Pulire e riposizionare la flow cell:
   1. Sciacquare leggermente la flow cell con acqua di laboratorio (laboratory-grade water) fino a quando sia la cartuccia di vetro che quella di plastica non sono completamente risciacquate dai sali in eccesso.
   2. Facendo attenzione attorno alla guarnizione nera della porta della flow cell, asciugare accuratamente la flow cell con un panno per la pulizia delle lenti privo di pelucchi. Asciugare delicatamente nell'area della guarnizione e del vetro adiacente.
   3. Pulire il vetro della flow cell con dell’ alcool, dma non utilizzare alcool sulla guarnizione.
   4. Controllare il supporto della flow cell per l'eventuale presenza di detriti o depositi di sale e pulirlo usando un panno imbevuto di alcool, o un tessuto privo di pelucchi inumidito con etanolo.
   5. Riposizionare la flow cell nel supporto e assicurarsi che sia posizionata correttamente.
   6. Utilizzando il software MiSeq Control, eseguire un altro controllo del flusso (flow check).
3. Se il controllo del flusso non riesce di nuovo, spegnere e riaccendere lo strumento (power cycle):
   1. Chiudere il software MiSeq Control, spegnere Windows e spegnere lo strumento usando l'interruttore di alimentazione sul pannello posteriore.
   2. Lasciare lo strumento spento per almeno 2 minuti, per consentire a tutte le parti di spegnersi completamente.
   3. Accendere lo strumento utilizzando l'interruttore di alimentazione sul pannello posteriore.
   4. Utilizzando il MiSeq Control Software, eseguire un altro controllo del flusso.
4. Se il controllo del flusso fallisce ancora, utilizzare una flow cell diversa (ad es. prelevata da un altro kit):
   1. Apri la porta MiSeq e rimuovi la flow cell.
   2. Pulire la nuova flow cell come descritto al passaggio 2
   3. Posizionare la nuova flow cell sul supporto e assicurarsi che sia posizionata correttamente.
   4. Utilizzando il MiSeq Control Software, tornare indietro nei settaggi della corsa per ripetere il controllo RFID della flow cell. Questo registrerà le nuove informazioni sui materiali di consumo.
   5. Continuare con l'impostazione della corsa ed eseguire un altro controllo del flusso.
   6. Se il controllo del flusso ha esito positivo, registrare il numero di lotto della flow cell e inviare un'e-mail all'assistenza tecnica (Technical Support) per ottenere la sostituzione della flow cell difettosa.
5. Se il problema persiste con una nuova flow cell, inviare un'e-mail all'assistenza tecnica (Technical Support) per ulteriore assistenza.